如今的马家花园只是遁园东园的一部分，1933年修建铁路时贯穿遁园，把东园一分为二。新中国成立后以铁路为界西园划给了建成厂，至今还保留着马道台生圹的部分遗迹，东园划给了东北农学院作为园艺实验基地。

文革期间东北农学院下乡去汤原办学，马家花园成为省直机关五七干校园艺分场。1969年秋哈尔滨市知识青年下乡来到马家花园，五七干部撤出，知青成为这里的主人。

他们用自己的青春和汗水，谱写出了那个特殊历史阶段的青春赞歌，马家花园的历史上留下了他们青春的足迹。

1978年末，东北农学院结束了“文革”十年滇沛流离的岁月，在“马家花园”开始了新校舍的建设。知识青年全部撤出，另行安置工作。