截至2020年12月，南京地铁已开通运营线路共有10条，包括1、2、3、4、10、S1、S3、S7、S8及S9号线，均采用地铁系统，共174座车站。地铁线路总长378千米，线路总长居中国第6。

2005年5月15日，南京地铁1号线开通观光运营；9月3日，正式通车运营。12月31日，《南京市城市快速轨道交通建设规划》，2号线、1号线南延线、2号线东延线、2号线西延线、3号线正式立项。

2007年上半年，南京地铁1号线南延线工程全面开工，南京地铁3号线过江隧道通过专家评审，采用过江隧道形式过江。

2010年1月10日，南京地铁3号线暨南京地铁1号线西延过江线试验段（即南京地铁10号线过江段）在南京南站举行开工典礼，标志着地铁3号线和地铁10号线过江段正式开工；5月28日，南京地铁1号线南延线、南京地铁2号线正式运营，南京地铁进入十字交叉准网格运营时代。